Met de IDE JCreator ben ik spijitig genoeg niet bekend. Ik zelf gebruik meestal IntelliJ (betalend) of Eclipse (open source).
Maar het compilen van de classes en genereren van javadocs doe ik met gebruik van ant. Dit is een open source tooltje dat een XML versie is van de vroegere make. In de build file van ant kun je gewoon instellen in welke directory hij de javadocs moet maken. De IDE's die ik hierboven heb opgenoemd hebben trouwens ook ondersteuning voor ant (heel handig).

Voor meer info moet je maar eens kijken op https://ant.apache.org/

Waarschijnlijk zul je in JCreator ook wel ergens een project property hebben die aanduidt waar hij die javadocs moet zetten, maar dan ben je  weer gebonden aan 1 specifieke IDE, terwijl je met ant veel algemener aan het werken bent. (Bij praktisch elk opensource java project wordt een ant build file bij geleverd).